Port Mrzeżyno jest położony południowym wybrzeżu Morza Bałtyckiego, u ujścia rzeki Regi
na pozycji 54° 08' 38'' N 015° 17' 30'' E, Wybrzeżu Trzebiatowskim - mezoregionie Pobrzeża Szczecińskiego.
Usytuowany jest 18 km (10 mil morskich) od Kołobrzegu, ≈39 km (21 Mm) od Dziwnowa,
≈7 km (3,7 Mm) od Dźwirzyna.
Mrzeżyno znajduje się pomiędzy latarnią morską w Niechorzu, a latarnią w Kołobrzegu - port posiada stawy nawigacyjne na główkach wejściowych falochronów.
Granice portu określa rozporządzenie Ministra Transportu i Gospodarki Morskiej z 2001 roku.
Granica na rzece Rega między śródlądowymi wodami powierzchniowymi, a wodami morskimi wyznacza linia biegnąca wzdłuż północnej krawędzi mostu drogowego w Mrzeżynie.
Powierzchnia obszaru lądowego portu wynosi 11,7533 ha, które należą do gminy Trzebiatów
i Skarbu Państwa.
Akwatorium znajdujące się w granicach administracyjnych portu ma powierzchnię 6,55 ha.
W promieniu 500 m w kierunku morza z głowicy wschodniego falochronu wejścia portowego został ustanowiony stały obwód ochronny dla rybołówstwa morskiego.